当協会は、昭和４０年代に河川や港湾において、有機水銀などの有害化学物質による汚染が社会的問題となり、取りわけ、水俣湾の有機水銀により汚染された底質の処理技術を開発するため、昭和５０年３月に設立されました。

以来、霞ヶ浦、手賀沼や東京湾などにおいて、底質の処理技術の開発を行ってきました。また、「水質汚濁防止法」、「海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律」により指定された有害物質及び「ダイオキシン類対策特別措置法」により規制されるダイオキシン類を含む、水質・底質の処理技術の開発に取り組んでいます。さらに、浚渫土や埋立土の取り扱いに伴う土壌環境の保全の取り組み、浚渫土砂に含まれるマイクロプラスチックの調査・検討、生物共生等の技術開発等の分野の取り組み等により、今世紀の課題である地球環境の保全・再生・創造に貢献しています。

・昭和４８年８月　「全国河川・海域ヘドロ処理協会」として発足する。

・昭和５０年３月　運輸・建設両省の共管公益法人「社団法人底質浄化協会」となる。

・平成２５年４月　「一般社団法人水底質浄化技術協会」となる。